大肠杆菌表达系统、酵母表达系统、哺乳动物细胞表达系统
大肠杆菌表达系统 大肠杆菌表达系统是目前应用时间最长、最成熟的表达系统，适合于表达非糖基化蛋白质及二级结构较简单的蛋白质，表达产物可在细胞质内形成包涵体，需要经过复性工艺；也可分泌目的蛋白于细胞间质，或在细胞质内可溶性表达，这种情况一般不需要复性。
酵母表达系统 酵母表达系统的特点是表达量高，适合于表达大量蛋白质和部分糖基化蛋白质，达产物一般分泌到胞外，可以直接从培养液中检测目的蛋白，不需要复性。目前毕赤酵母表达系统已经逐渐替代啤酒酵母表达系统。其主要特点为大规模发酵生产方便，比哺乳类细胞表达系统成本低，最显著优点是易于实现高效表达，尤其是多拷贝毕赤酵母表达系统，可在染色体上整合多个目的基因拷贝，表达水平高，典型的例子就是重组人白蛋白的表达体系；缺点是发酵密度高时，酵母的蛋白酶能够降解表达的目的蛋白，引起目的蛋白C端或N端氨基酸降解。
哺乳动物细胞表达系统 哺乳动物细胞表达系统适合表达糖基化蛋白和空间结构较复杂的蛋白质，表达产物一般存在于细胞质中，如果在基因构建时于目的蛋白前加一段信号肽，表达产物会分泌到胞外，通过细胞翻译后包装成为有活性的蛋白质，目前一般采用CMV、EF-1a等强启动子。CHO属于该类表达系统，重组人红细胞生成素即采用这种表达系统。近年来，随着治疗性抗体药物的发展，相应的真核表达体系的研究也有了很大的发展，目的蛋白表达量能达到近10g/L细胞培养液。
