出现假阴性的原因有：
①扩增实验受到抑制；
②在核酸的提取、处理和保存过程中的不慎造成模板核酸的丢失；
③内源性DNA酶及RNA酶对模板核酸的降解；引物设计较差（如引物不在保守区域）；
④核酸扩增及分析系统的敏感性不够；
⑤反应特异性差；
⑥不合适的扩增条件。 扩增实验的抑制因素，是分子生物学诊断中的最常见的假阴性原因。为了保证所报告的阴性结果都是真实可靠的，很多商品化试剂盒的反应体系中都提供了检测抑制因素的手段，如在核酸扩增过程中设计“内参照”，内参考可以和每个标本一起操作，也可以在仅出现阴性结果时使用。
