常用于细菌的广范围PCR检测的靶基因主要有16S rRNA基因、rpoB基因、tuf基因、dnaJ基因、dnaK基因、gyrA基因、gyrB基因、recA基因、groEL基因等。 16S rRNA基因的特点，是广范围PCR通常选用16S rRNA基因作为靶基因的主要原因：
①16S rRNA基因存在于所有的原核生物中，功能同源且最为古老，素有“细菌化石”之称，针对保守区设计的引物的通用性好，甚至没有种的选择性，能适用于几乎全部的细菌的检测；
②16S rRNA基因由不连续保守区和可变区组成，可变区进行序列分析可用于细菌种类的区分；
③16S rRNA基因分子量约1540核苷酸，大小适中、易于操作，且通常只需测序其前500bp核苷酸序列，即只需要一个成功测序反应即可以完成操作。 16S rRNA基因结构和特征，为一对引物扩增几乎所有细菌的广谱PCR技术提供了可能，因此，作为广范围PCR的靶基因，16S rRNA靶基因的优点是通用性强、适用范围广；但由于16S rRNA基因本身的保守性，其对于部分菌群因缺乏足够多的可变序列信息而无法进行菌种之间的相互区分。其他的一些管家基因的靶基因标志物，可弥补16S rRNA基因的区分能力不足的缺陷，但缺乏在能识别全部细菌的引物位点，故通用性不如16S rRNA基因。
