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取样频次没有明确的规定，各公司的频次也不一样，需要综合考虑质量管理要求，工艺要求，制药用水的用途，系统稳定性，点位数量等，比如纯化水只用于清洗，频次可以适当放宽。根据ISPE-GPG-水、蒸汽和气体取样推荐，关键用点每周取样一次，非关键用点每月取样一次，注射用水每天至少取一个点。
取样策略一般取决于水系统本身的设计情况和使用情况，通常所有用水点应以某种定期或轮流的方式取样。影响取样频率的重要因素包括：
1)使用点的风险程度；
2)系统指定的水质；通常健全的系统设计能够抵消一些频率取样的要求。
3)使用点的失败历史；有些使用点非常复杂，就可能导致更多失败的结果
4)使用点取样结果的稳定性；某个使用点可能需要每周取样一次，经对多次取样结果分析，此点取样结果连续通过测试，可以提出申请减少此点取样频率。
参考资料：
2010版GMP实施指南-水系统，4试运行和验证。
