根据《中华人民共和国药品管理法》，药品上市许可持有人应建立药品质量保证体系，对药品全生命周期(研制、生产、经营、使用)的安全性、有效性和质量可控性负责。因此，组织会整体建立一个质量管理体系或根据需要建立不同的质量管理体系，如药物警戒质量管理体系和药品生产质量管理体系。
从质量管理的角度而言，两者是类似的。有着相似/相同的体系组成元素及其基本原则，例如组织、人员、流程、培训、风险/问题/变更管理，持续改进等，都有遵循“基于风险的思维”，对体系的管理手段都有如质量控制(QC)和质量保证(QA)等。
从药品生命周期角度而言，这是两个质量体系，两个体系位于不同的阶段。各自有其具体的目标，涉及不同的组织、人员和流程。
从企业整体角度而言，两个体系是企业/组织质量管理的有机组成部分，是企业级质量管理体系大框架下面的子体系，遵循整体框架的原则和要求。同时，两个体系之间应能够有效协作。共同促进药品全生命周期质量管理体系的持续改进。
